Sin que este listado sea exhaustivo, se pretende que la estructura de investigación del Cibei esté integrada entre 18 a 24 laboratorios, cuyas principales líneas de investigación y desarrollo serán:
- Influenza A (H1N1) y otras infecciones respiratorias
- Enfermedades diarreicas
- Amebosis
- Dengue
- Infecciones de transmisión sexual
- Leishmanosis
- Micosis
- Parasitosis intestinal
- Resistencia de las bacterias a los antimicrobianos
- Teniasis
- Cisticercosis
- Tuberculosis
- VIH / SIDA
- Tripanosomosis / Enfermedad de Chagas
- VPH
- Otras zoonosis (Leptospirosis / Brucelosis)
